まず今回食品表示法を新表示としては、基本同一製品を2ヵ所以上の製造所にて製造する場合にのみ新規の製造所固有記号が所得されるとなっております。

但し計画段階での申請も認められますので

（１）の場合は、製造計画書を添付して申請をお願い致します。

（２）に関しましては、基本ユーザー登録を新規で行う場合に２，３日程かかります。それからＩＤを基に製造所固有記号の申請を行います。その期間が約2週間ほどかかる模様です。

（３）【主旨】製造所固有記号の表示は、原則として同一製品を2以上の製造所で製造している場合のように、包材の共有化のメリットが生じる場合にのみ認められます。(出典:Q&A(固有記号-1))

上記のようですので包材に別々の固有記号を入れて、それぞれ作成しては包材を共有するメリットがありませんので印字するのがよろしいかと思われます。

尚、製造所固有記号の質問に関しては、消費者庁が窓口となります。できれば、代表番号　03-3507-8800にて最終確認の程宜しくお願い致します。

以上よろしくお願い申し上げます。

その他詳しい内容については、
消費者庁ホームページ「食品表示法等(法令及び一元化情報)」をご参照ください。